El diario La Nación dió cuenta, en su edición del domingo (04 agosto 2013), de una tensa situación vivida en la noche del sábado (03 agosto) en el Hospital Militar Central cuando, compulsivamente, efectivos del Servicio Penitenciario Federal, procedieron al traslado a sus lugares de reclusión a pacientes procesados o condenados en causas por la lucha antisubversiva. El rotativo señaló, además que, ante la oposición de los familiares, el propio subjefe del Ejército general de brigada Rubén Oscar Ferrari, advirtió  que podría recurrirse al “uso de la fuerza”.

El artículo de La Nación, expresó:

Momentos de tensión se vivieron ayer entre familiares de procesados y condenados por delitos de lesa humanidad alojados en el Hospital Militar y personal del Servicio Penitenciario Federal, que inició un operativo para trasladarlos a los penales de Ezeiza, Marcos Paz y Villa Devoto. Al cierre de esta edición, voceros de los familiares informaron que seis de ellos habían sido subidos a las unidades de traslado, mientras ellos mismos intentaban bloquear su paso en reclamo de que se les exhibiera una orden judicial.

El operativo estuvo a cargo del director del Servicio Penitenciario, Víctor Hortel, que se disponía a llevar a las unidades carcelarias a los 11 militares que el ministro de Justicia, Julio Alak, había denunciado que se encontraban en el Hospital Militar "en forma irregular".

Dos de ellos fueron trasladados el viernes, mientras que los otros nueve permanecían alojados ayer en el segundo piso del hospital. Por la noche, según el testimonio de los familiares, dos habían sido dejados finalmente en el hospital por razones de salud, y un tercero, cuyo traslado fue impedido por sus hijas.

La suerte del general César Milani, tanto como jefe del Ejército como en su ascenso a Teniente General, quedará supeditada al resultado de los comicios legislativos de octubre, según se desprende de un comunicado oficial del bloque de legisladores kirchneristas, difundido en la noche del lunes (22 jul 2013) por la agencia Diarios y Noticias (DyN).
De acuerdo a DyN,  ante el rechazo del Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) a la designación de Milani al frente del Ejército, la presidenta Cristina Kirchner ordenó esta tarde al bloque del Frente para la Victoria postergar hasta después de las elecciones el tratamiento de todos "los pliegos de jefes militares".

Una carta de última hora, enviada por el presidente del Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) Horacio Verbistsky, provocó en la mañana del lunes (22 jul 2013) un terremoto en la Comisión de Acuerdo del Senado al cambiar en 180 grados su postura y recomendar al Gobierno la salida del Ejército del nuevo jefe del Ejército, general César Milani.

La Comisión de Acuerdos tenía prácticamente resuelta -por mayoría e incluso tomando como base de sus argumentos un primer dictamen del CELS- el ascenso de Milani a Teniente General y de hecho convalidar su jefatura, pero tras la llegada de la carta de Verbistsky los miembros del oficialismo quedaron estupefactos.

El Ejército informó oficialmente el miércoles (17 jul 2013) que el jefe de la fuerza, General de División César Milani, se presentó “espontáneamente” ante la justicia federal de La Rioja, en función de las denuncias en su contra como consecuencia de la guerra antisubversiva de los 70. El viernes (19 jul 2013) Milani repitió el procedimiento, esta vez ante el juez federal de Tucuman.
"El Ejército Argentino informa que, tras haber sido autorizado ayer (por el martes) por el Ministro de Defensa Agustín Rossi, el Jefe del Estado Mayor General del Ejército General de División Cesar Milani se presentó espontáneamente hoy (miércoles) ante el Juzgado Federal de La Rioja, a cargo del Dr Daniel Herrera Piedrabuena, con la finalidad de ponerse a su total disposición negando absolutamente los presuntos hechos que se le atribuyen a través de algunos medios de comunicación", se difundió en un comunicado dado a conocer por esa institución.