Esta situación hizo crisis en octubre de ese año. Perón, bajo presión de los mandos militares, es destituido de sus cargos y detenido en la isla Martín García. Sus cartas escritas desde allí muestran a un hombre vencido y pensando en un retiro rural. Dos camaradas de Perón que lo acompañaron en la iniciación del G.O.U. siguen en cargos claves: el secretario de Trabajo, Domingo Mercante, y el jefe de la Policía Federal, Filomeno Velazco. El rol de Evita como promotora de la reacción sindical para liberar a Perón tiene interpretaciones diversas y van desde que ella tomó el liderazgo, hasta que fue ajena a los hechos. En la Secretaría de Trabajo y Previsión, el secretario de Mercante tomó el cuaderno en el que en forma manuscrita tenía anotados a todos los sindicalistas que habían ido a la secretaría los meses anteriores, lo que habían pedido, lo que habían recibido y sus teléfonos. Este fue un instrumento que Mercante puso a funcionar rápidamente.
Cuando el 17 a la madrugada se conocen informaciones que hablan de gente agrupándose para marchar a la capital, Velazco recibe la orden de levantar los puentes para impedir su acceso a la ciudad, pero desobedece la orden. Esto permitió la marcha del 17 de octubre hacia la Plaza de Mayo. Los partidos políticos tradicionales se movían para implementar la alternativa de que el gobierno de facto entregara el poder a la Suprema Corte para que fuera ésta la que llamara a elecciones. Pero se enredan en consultas para armar el gabinete de este gobierno eventual. En los mandos militares empiezan las dudas y se decide trasladar a Perón al Hospital Militar, aproximándolo al teatro de los acontecimientos. El comandante de la guarnición de Campo de Mayo, el General Ávalos -quien había sido responsable el 4 de junio por impartir órdenes confusas y responsable de la muerte de casi un centenar de hombres- recibe la orden de marchar hacia la capital y contener el movimiento popular. Ávalos duda y demora la ejecución de la orden. Mientras las gestiones de los políticos para pasar el gobierno a la Corte y designar un gabinete de coalición se demora, en los mandos militares crecen las dudas. Mientras tanto, empieza a llenarse la Plaza de Mayo. Las dudas se transforman en temor mientras transcurren los minutos. Entonces se decide reponer a Perón en las funciones de las que había sido privado semanas antes y es llevado del Hospital Militar a la Plaza de Mayo para que hablara y contuviera a sus partidarios.
Un conjunto de circunstancias jugaron a favor de un 17 de octubre victorioso para Perón. Si no hubiese sido así, Perón podría no haber sido el beneficiario del movimiento que con una combinación de intuición y habilidad había ido gestando, pero que sus verdaderos alcances políticos todavía no eran muy claros. Pero el cambio social que había producido en los sectores populares y el protagonismo de las organizaciones sindicales eran un hecho irreversible que de una u otra forma habrían encontrado un cauce político en esa época.
