Es posible que, como sucedió con otras tragedias similares protagonizadas por submarinos, nunca se conozcan las causas de lo que verdaderamente ocurrió con el ARA San Juan, pese a que aún trabajan en el esclarecimiento la jueza federal de Caleta Olivia, Marta Yáñez, a cargo de la investigación, y una comisión investigadora creada por el Poder Ejecutivo, integrada por dos contraalmirantes y un capitán de navío, padre de uno de los tripulantes del sumergible perdido, todos ellos submarinistas y excomandantes del ARA San Juan.