A partir de la aparición de la guerrilla revolucionaria en la Argentina durante el gobierno democrático de Arturo Frondizi, en 1959, su delictivo accionar fue reprimido en el marco de la ley por los Juzgados Federales de Sección, tanto en tiempos de gobiernos civiles como militares. Fue en 1971 cuando, ante la violencia armada que desataron distintos grupos guerrilleros, esos juzgados quedaron desbordados y el gobierno de facto de Alejandro Agustín Lanusse resolvió crear la Cámara Federal Penal de la Nación.