Fautario fue desplazado de la conducción por un alzamiento encabezado por el también fallecido Brigadier Jesús Orlando Capellini. Su salida y su reemplazo por el Brigadier General Orlando Ramón Agosti allanó el camino al golpe del 24 de marzo de 1976.
De regreso a la democracia ocupo distintas funciones e el marco de la institución, pero la más saliente fue la de integrar un tribunal que juzgó la conducta de oficiales aeronáuticos en un sonado proceso en el aeropuerto de Ezeiza que involucró responsabilidades en casos de negligencia o cumplicidad por narcotráfico.